Uma vez que innodb_log_arch_dir não têm relevância sob o MySQL, não há necessidade de se especificá-lo no arquivo my.cnf.

LOAD DATA INFILE em modo AUTOCOMMIT=1 não faz mais commits implicitos para cada 1MB de log binário escrito.

Corrigido um erro introduzido na versão 4.0.4: LOCK TABLES ... READ LOCAL não deve definir bloqueio de registros ao lê-los. Isto provoca deadlocks e esgostamento do tempo limite de espera das travas do registro no mysqldump.

Corrigido dois erros introduzidos na versão 4.0.4: em AUTO_INCREMENT, REPLACE pode fazer com que o contador pode ser deixado como 1. Um deadlock ou esgotamento do tempo limite de espera de travas podem causar o mesmo problema.

Corrigido um erro: TRUNCATE em uma tabela temporária causa erro no InnoDB.

Corrigido um erro introduzido na versão 4.0.5: se o log binário não estivessem ligado, INSERT INTO ... SELECT ... ou CREATE TABLE ... SELECT ... podiam fazer com que o InnoDB pendurasse em um semáforo criado em btr0sea.c, line128. Solução: ligar o log binário.

Corrigido um erro: na replicação, executar SLAVE STOP no meio de uma transação multi-instrução podia fazer com que SLAVE START só realizasse parte da transação. Um erro parecido podia ocorrer se o slave finalizasse devido a um erro e fosse reiniciado.