MySQL バージョン 4.0 より、InnoDB はデフォルトで MySQL に組み込まれています。次の情報は、3.23 シリーズだけに該当します。

InnoDB テーブルは、3.23.34a より MySQL ソースディストリビューションに含まれるようになりました。 ただし 3.23 シリーズでは、InnoDB は MySQL-Max バイナリディストリビューションのみに組み込まれています。Windows の場合は、-Max バイナリが標準のバイナリディストリビューションに含まれています。

InnoDB をサポートする MySQL のバイナリバージョンをダウンロードした場合は、MySQL のマニュアルに従って MySQL のバイナリバージョンをインストールしてください。すでに MySQL-3.23 をインストールしている場合に MySQL-Max を最も簡単にインストールするには、サーバの実行ファイル mysqld を、-Max ディストリビューションの実行ファイルで置き換えます。MySQL と MySQL-Max は、サーバの実行ファイルの名前のみが異なります。 See 項2.2.9. 「MySQL バイナリディストリビューションのインストール」。 See 項4.8.5. 「mysqld-max（拡張 mysqld サーバ）」。

InnoDB をサポートする MySQL をコンパイルするには、MySQL-3.23.34a 以降のバージョンを http://www.mysql.com/ からダウンロードし、--with-innodb オプションで MySQL をコンフィギャします。MySQL ソースディストリビューションのインストールについては、MySQL のマニュアルを参照してください。 See 項2.3. 「MySQL ソースディストリビューションのインストール」。

cd /path/to/source/of/mysql-3.23.37
./configure --with-innodb

MySQL-Max-3.23 で InnoDB テーブルを使用するには、オプション設定ファイル my.cnf（Windows の場合は my.ini でも可）の [mysqld] セクションで設定パラメータを指定しなければなりません。

3.23 では、少なくとも innodb_data_file_path でデータファイルの名前とサイズを指定する必要があります。my.cnf で innodb_data_home_dir を指定しない場合は、デフォルトで MySQL の datadir にこれらのファイルが作成されます。innodb_data_home_dir を空の文字列として指定すれば、innodb_data_file_path でデータファイルへの絶対パスを指定できます。

これを最小限の方法で変更するには、[mysqld] セクションに次の行を追加します。

innodb_data_file_path=ibdata:30M

ただし、高いパフォーマンスを得るには、推奨された方法でオプションを指定するのが最善です。 See 項7.5.3. 「InnoDB 起動オプション」。