To MySQL によるクエリーの最適化を容易にするには、関連データをロードしたあとにテーブルに対して ANALYZE TABLE あるいは myisamchk --analyze を実行する。これはインデックスのために、同じ値があるレコードの平均値を更新する (一意のインデックスの場合、これは常に 1 になる)。MySQL はこれを使用して、2 つのテーブルを 非定数式で結合する際に選択するインデックスを判定する。SHOW INDEX FROM tbl_name を実行し、Cardinality 値を調べることで、テーブル分析の結果を確認できる。myisamchk --description --verbose はインデックスの分布情報を表示する。

インデックスに従ってインデックスとデータをソートするには myisamchk --sort-index --sort-records=1(インデックス 1 でソートする場合) を使用する。速度を上げるには、すべてのレコードの読み取りに一意のインデックスを使用し、そのインデックスに従った順序で読み取りを行うように推奨される。ただし、このソートでは書き込みの最適化はできず、テーブルが大きい場合は時間がかかる。