SHOW ENGINE INNODB STATUS を利用して最新のデッドロックの原因を究明してください。それで、アプリケーションがデッドロックを防ぐ様に調整することができます。

トランザクションがデッドロックのせいで失敗したら再発行できるように常に準備しておいてください。デッドロックは危険ではありません。もう一度やってみてください。

トランザクションを頻繁にコミットしてください。小さいトランザクションは衝突の傾向が少ないです。

もしロック読み取り (SELECT ... FOR UPDATE または SELECT ... LOCK IN SHARE MODE) を利用しているなら、READ COMMITTED のような低遮断レベルを利用するように試みてください。

決まった順番でテーブルと行にアクセスしてください。するとトランザクションは明確な列になりデッドロックしません。

テーブルに適切なインデックスを追加してください。するとクエリーが走査しなければいけないインデックスレコードが減り、その結果ロックの設定が減ります。MySQL サーバーが、クエリーにとってどのインデックスが最適だと認識するのかを究明するために EXPLAIN SELECT を利用してください。

ロックの利用を少なくしてください。もし SELECT が古いスナップショットからデータを返すことを許容できるなら、それに節 FOR UPDATE か LOCK IN SHARE MODE を追加しないでください。同じトランザクション内のそれぞれの一貫性読み取りは、それ自体のフレッシュスナップショットから読み取りをするので、READ COMMITTED 遮断レベルを利用することは良いことです。

もしほかに方法がなければ、テーブルレベルロックを利用してトランザクションを直列化してください。InnoDB テーブルなどのトランザクションテーブルで LOCK TABLES を使用する正しい方法は、(START TRANSACTION ではなく) SET autocommit = 0 でトランザクションを開始し、その後 LOCK TABLES を実行し、UNLOCK TABLES を呼び出す前にそのトランザクションを明示的にコミットすることです。たとえば、もしテーブル t1 に書き込み、テーブル t2 から読み取る必要があれば、これを行うことができます:

SET autocommit=0;
LOCK TABLES t1 WRITE, t2 READ, ...;
... do something with tables t1 and t2 here ...
COMMIT;
UNLOCK TABLES;

テーブルレベルロックを使用するとトランザクションのキューが整理され、デッドロックを回避できます。

トランザクションを直列化する別の方法は、単一行だけを含む補助 「セマフォー」 テーブルを作成することです。各トランザクションが別のテーブルにアクセスする前にその行を更新させてください。そうすると、すべてのトランザクションは連続で起こります。直列化ロックは行レベルロックなので、InnoDB インスタントデッドロック検出アルゴリズムもこの場合機能するということに注意してください。MySQL テーブルレベルロックでは、デッドロックを解決するためにタイムアウト法を利用しなければいけません。