MaxDB は、クライアント/サーバシステムとして動作します。MySQL は、クライアント/サーバシステムまたは組込システムとして実行することができます。

MySQL によってサポートされているプラットフォームの一部では、MaxDB が動作しない場合もあります。たとえば、MaxDB は IBM の OS/2 では動作しません。

MaxDB では、クライアント/サーバ通信に専用ネットワークプロトコルが使用されます。それに対し MySQLでは、TCP/IP（SSL 暗号化あり/なし）、ソケット（UNIX ライクなシステムの場合）、名前付きパイプ（Windows NT ファミリシステムの場合）のいずれかが使用されます。

MaxDB は、ストアドプロシージャをサポートしています。MySQL の場合、ストアドプロシージャの導入はバージョン 5.0 からとなります。MaxDB では SQL 拡張を介したトリガのプログラミングもサポートしていますが、この機能は MySQL 5.1 で予定されています。MaxDB は、ストアドプロシージャ言語のデバッガを内蔵しています。また、ネストされたトリガのカスケードが可能で、アクションおよび行単位の複数トリガをサポートします。

MaxDB のディストリビューションには、テキストベース、グラフィカルベース、Web ベースのいずれかのユーザインタフェースが含まれています。MySQL のディストリビューションには、テキストベースのユーザインタフェースしか含まれていません。グラフィカルユーザインタフェース（MySQL Control Center）は、主要ディストリビューションとは別に提供されます。MySQL の Web ベースユーザインタフェースは、サードパーティから提供されています。

MaxDB がサポートする多数のプログラミングインタフェースは、MySQL でもサポートされています。ただし、RDO、ADO、.NET は MaxDB ではサポートされておらず、いずれも MySQL ではサポートされています。MaxDB では、C/C++ でのみ埋め込み SQL がサポートされます。

以下の管理機能は MaxDB に含まれていますが、MySQL には含まれていません。 時刻、イベント、警告によるジョブスケジューリングと、警告しきい値に基づくデータベース管理者へのメッセージ送信