In ambiente Windows, i profili delle connessioni sono contenuti nella directory C:\Documents and Settings\UserName\Application Data\MySQL, dove UserName è il nome dell'utente Windows corrente. In ambiente Linux, questi file si trovano nella directory ~/.mysqlgui. Le impostazioni vengono salvate in un file chiamato mysqlx_user_connections.xml. Il contenuto del suddetto file ha il seguente aspetto:

   <?xml version="1.0"?>
   <user_connections>
    <last_connection>1</last_connection>
    <password_storage_type>2</password_storage_type>
    <user_connection>
     <connection_name></connection_name>
     <username>root</username>
     <hostname>localhost</hostname>
     <port>3306</port>
     <schema></schema>
     <advanced_options/>
     <storage_path></storage_path>
     <notes></notes>
     <connection_type>0</connection_type>
     <storage_type>2</storage_type>
     <password></password>
    </user_connection>
    ...
  

Potete modificare manualmente questo file, ma fate attenzione a non invalidare l'XML. Quando confermate i cambiamenti modificando e salvando il file, questi cambiamenti saranno visibili la prossima volta che aprirete la sezione Connessioni della Finestra di Dialogo delle Opzioni. Non è necessario riavviare l'applicazione affinché le modifiche abbiano effetto.

Come amministratore dei database, potete modificare il file anche in base alle vostre preferenze, quindi copiarlo su un'altra macchina su cui girano gli strumenti grafici MySQL. Questo permette facilmente di avere profili di connessione uguali su tutte le macchine, senza dover impostare tutti i profili individualmente. Tutti i file di configurazione XML degli strumenti grafici MySQL sono cross-platform e possono essere trasferiti tra macchine Windows e Linux.