MySQL speichert seine Data Dictionary-Informationen über Tabellen in .frm-Dateien in Datenbankverzeichnissen. Das gilt für alle Speicher-Engines von MySQL. Doch jede InnoDB-Tabelle hat auch einen eigenen Eintrag im internen InnoDB-Data Dictionary innerhalb des Tablespace. Wenn MySQL eine Tabelle oder Datenbank löscht, muss es sowohl die .frm-Datei(en) als auch die zugehörigen Einträge im InnoDB-Data Dictionary löschen. Daher dürfen Sie auch InnoDB-Tabellen nicht einfach durch Verschieben der .frm-Dateien von einer Datenbank in die andere übertragen.

Jede InnoDB-Tabelle besitzt einen speziellen, so genannten geclusterten Index, der die Daten über die Zeilen speichert. Wenn Sie einen PRIMARY KEY auf Ihrer Tabelle definieren, ist der Index dieses Primärschlüssels der geclusterte Index.

Wenn Sie keinen PRIMARY KEY für Ihre Tabelle definieren, wählt MySQL den ersten UNIQUE-Index, der nur NOT NULL-Spalten hat, als Primärschlüssel aus, und InnoDB verwendet diesen als geclusterten Index. Wenn die Tabelle keinen solchen Index besitzt, wird intern von InnoDB ein geclusterter Index generiert, in dem die Zeilen nach der Zeilen-ID geordnet sind, die InnoDB den Zeilen derartiger Tabellen zuweist. Die Zeilen-ID ist ein 6-Byte-Feld, das monoton wächst, wenn neue Zeilen eingefügt werden. Somit stehen die nach Zeilen-ID geordneten Zeilen physikalisch in der Reihenfolge ihrer Einfügung.

Über einen geclusterten Index ist eine Zeile schnell zu erreichen, da die Zeilendaten auf derselben Seite liegen, zu der die Indexsuche hinführt. Wenn eine Tabelle groß ist, speichert die Clustered-Index-Architektur im Vergleich zu der traditionellen Lösung oft Plattenzugriffe. (In vielen Datenbanksystemen sind die Daten auf einer anderen Seite gespeichert als der Indexeintrag.)

In InnoDB enthalten die Datensätze in nicht-geclusterten Indizes (auch Sekundärindizes genannt) den Primärschlüsselwert für die Zeile. InnoDB benutzt diesen Primärschlüsselwert, um die Zeile in dem geclusterten Index zu suchen. Beachten Sie: Wenn der Primärschlüssel lang ist, brauchen die Sekundärindizes mehr Platz.

InnoDB vergleicht unterschiedlich lange CHAR- und VARCHAR-Strings, indem es die Längendifferenz im kürzeren String als mit Leerzeichen ausgefüllt betrachtet.